Cerca de 250 000 registros de colecciones catalogadas (la mayoría informatizadas o en proceso) forman parte, hasta la fecha, del almacén de colecciones de ciencias naturales
Según Bradley et al. (2014) y DiEuliis et al. (2016), no podemos obviar que las colecciones biológicas donde se incluyen ?además de las clásicas conocidas? material genético, tejidos, otolitos, huevos, pieles, huesos, esqueletos, así como herbarios botánicos, contribuyen, de manera notoria, a la ciencia, a la sociedad, y en campos tan convergentes como seguridad pública, sanidad local, cambio climático, prevención de catástrofes, cultivos agrícolas, enfermedades puntuales, pandemias, entre otros.
Colección de entomología
Esta colección incluye representantes de Canarias, de los restantes archipiélagos macaronésicos (Salvajes, Madeira, Azores y Cabo Verde), así como de regiones del norte de África y de la península ibérica. También material de países europeos y regiones tropicales del planeta. Por otra parte, incluye otros grupos de artrópodos terrestres (colémbolos, arácnidos, miriápodos y crustáceos), todos ellos con bastante menor representación en Canarias que los insectos, el grupo más numeroso de la fauna terrestre. La colección –cuyo número supera los 128 000– es fruto tanto de investigaciones realizadas por el personal del Museo, como por aportaciones de científicos nacionales y extranjeros. En el año 2015, se vio incrementada con la donación Pardo Alcaide (1913-1977), integrada por más de 65 000 especímenes, principalmente coleópteros procedentes del sur de la península ibérica y el norte de África. El material tipo supera los 2 550 especímenes –entre ellos, 287 holotipos– de especies y subespecies mayoritariamente endémicas de Canarias. Hasta la fecha actual, 34 943 especímenes de insectos de la colección han sido incorporados a la base de datos GBIF España, a través del cual puede accederse a ellos.
Colección de geología-paleontología
La colección de fósiles está formada por 6 300 registros, que engloban unos 35 000 especímenes, pertenecientes en su mayoría a yacimientos paleontológicos de Canarias, pero con interesantes representantes del resto de archipiélagos de la Macaronesia y norte de África. Asimismo, alberga una importante colección de fósiles del mundo pertenecientes a los diferentes periodos geológicos, procedente del Gabinete de D. Anselmo Benítez. Destaca en esta colección la presencia de 47 especímenes tipo, 14 de ellos holotipos de especies de moluscos gasterópodos de afloramientos del Mioceno superior de Lanzarote, Fuerteventura y Gran Canaria. La colección de malacología marina es una de las más numerosas del Museo, conteniendo un total de 75 000 ejemplares, principalmente de especies canarias, macaronésicas, mediterráneas y del Atlántico norte. En cuanto a la colección de malacología terrestre, está constituida por 32 000 ejemplares, de los cuales 78 son holotipos, fondos que proceden en su mayoría de la colección Alonso e Ibáñez, catedráticos jubilados de la Universidad de La Laguna, donada en el año 2015.
Colección de biología marina
Unos 14 479 registros integran los fondos de biología marina (macrofauna, 11 328 y microfauna, 3 151), de los que alrededor de 400 corresponden a material tipo. La mayor parte procede del proyecto TFMCBM (1990-1996) sobre fauna de profundidad. Destacamos importantes donaciones, caso de esponjas marinas de Canarias, con 600 ejemplares; crustáceos de profundidad, con 300 registros; anélidos poliquetos, con 250 ejemplares de aguas canarias; cnidarios, con 200 ejemplares de aguas someras y profundas; o la de babosas marinas de Canarias (nudibranquios), con 300 ejemplares que, en su mayoría, pertenecen a material tipo. Alrededor 2 000 registros de peces se conservan en el Museo, procedentes de proyectos nacionales (PESCABASE) e internacionales (FISHTRACE). Señalemos, además, colecciones complementarias de tejidos y otolitos de peces. La participación del Museo en los proyectos sobre afección de las erupciones volcánicas a las comunidades pelágicas ?VULCANO I y II; y VULCANA, que se desarrollan desde 2013? ha aportado hallazgos de interés para las colecciones. No obstante, varios miles de ejemplares microscópicos se hallan, aún, en fase de estudio y catalogación.
Colección de vertebrados
Entre las importantes colecciones conservadas destacan la general de aves naturalizadas y 707 pieles preparadas. Igualmente, forman parte de este grupo la colección Estarriol, compuesta por 130 registros; la colección Godiño, que consta de 151 especies, la colección de osteología, con 370 muestras; la de huevos, con 528 muestras, y la de mamíferos, referente a 121 ejemplares naturalizados. Destacar la de pieles y la colección húmeda (anfibios y reptiles) con 214 muestras. Otras colecciones incluyen recientes decomisados aduaneros de especies que forman parte de Convención sobre el Comercio Internacional de Especies Amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES).
Colección botánica (herbario)
El herbario TFMC integra 18 000 pliegos de plantas superiores, algas, musgos y líquenes procedentes principalmente de las islas Canarias, del resto de los archipiélagos macaronésicos (Azores, Madeira, Salvajes y Cabo Verde) y de las vecinas regiones continentales africanas (Marruecos, Sáhara Occidental y Mauritania). También incluye ejemplares de la flora de isla de Pascua y del archipiélago de Galápagos, en el océano Pacífico. La mayor parte de las colecciones del herbario TFMC es fruto del material recolectado en las numerosas expediciones científicas organizadas por el Museo a lo largo de las últimas décadas.
Colección de mineralogía
La colección de minerales y rocas está compuesta por 5 500 ejemplares, de los que están inventariados en la actualidad 5 445. Estos ejemplares proceden en su mayoría de los fondos del desaparecido Museo Villa Benítez. Otra parte importante de los fondos es una donación del Institutum Canarium, de Viena. Destacar la colección formada por 1 100 minerales y rocas procedentes del archipiélago, colectados durante más de veinte años por el geólogo austriaco Rudolf F. Ertl. Asimismo, cada destacar algunos ejemplares notables de minerales canarios, así como algunos ejemplares de rocas volcánicas formadas en las erupciones de fecha histórica en las islas, incluida la última de ellas, de naturaleza submarina, ocurrida en El Hierro en 2011.