Tras la conquista, Canarias se adaptó al sistema institucional castellano. La unidad básica administrativa era el concejo municipal o Cabildo, que en Castilla englobaba el medio urbano y su entorno rural y, en el caso de Canarias, coincidía con los límites de cada isla. Desde el Cabildo se fijaban precios, se velaba por la calidad de los oficios, se aprobaba la construcción de obras públicas, se regulaban el ornato y salubridad de la ciudad, así como fiestas y conmemoraciones. Al frente del Cabildo figuraba el gobernador.
En 1526 se funda la Audiencia de Canarias, encargada de administrar los asuntos relacionados con los abusos judiciales y las apelaciones. Con posterioridad, en 1589, se crea la figura del Capitán General ante el temor de Felipe II a una contraofensiva inglesa tras el episodio de la Armada Invencible. En el siglo XVIII, con la llegada de la dinastía borbónica, la impronta castellana da paso a la francesa y se instaura la figura del Intendente (1718), cuya función principal era fomentar el desarrollo económico de la Isla.
La Inquisición, recuperada por los Reyes Católicos en una época en la que había entrado en relativo desuso, tuvo en las Islas claras diferencias con respecto a la península. Sus competencias eran limitadas, pues causas y conmutaciones de penas solían decidirse fuera del Archipiélago.
El Obispado, la Universidad, el Diputado del Común, la Junta Suprema, la Diputación Provincial o los Cabildos —tal como los concebimos actualmente— son igualmente recogidos en este ámbito donde se trata de dar cabida a todo el espectro institucional en la historia las Islas.